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由于微生物除臭技术是利用能够转化，或者降解恶臭物质的特殊微生物的高效吸附、吸收和降解作用对恶臭气体进行净化，化恶臭为无臭。垃圾除臭剂不含化学药品，也不含转基因产品成份，不会造成二次污染，代表着生物环保产业发展的未来方向。运用微生物除臭技术大大增强了其处理污染的功效，与一般化学方法和生物方法相比较，微生物除臭技术对有机物的降解速度，是传统方法的多倍效率。污染物在投放微生物除臭剂，可迅速祛除臭味，净化水质，降低COD、氨、氮等指标。微生物除臭技术特别是混菌微生物除臭剂，降低微生物生存条件要求，增强适应性，减少过滤，适应多种温度和pH值范围，在低氧环境中也能有效发挥作用。微生物除臭技术品具有标本兼治的特点，不用征地建厂或购买庞大设备，综合治理成本和动态投资成本低，而治理效果显著。微生物除臭技术可广泛适用于不同领域、不同用途和不同的污染环境，可用于垃圾场、化粪池、养殖场、污水处理厂、食品加工厂等有臭味的地方。以前认为不能回收利用污染物，城市污水厂的污泥经微生物除臭制成肥料，如氨和硫酸化合成硫酸铵肥料，其中各种元素可被植物吸收；提高了污泥中有机碳的利用率；而且脱臭微生物大多是土壤中的有益菌群。与传统化学产品比较。每种化学产品都是针对性强的产品，当遇有复杂的其他化学基质时，便会失效。使用化学产品之后，在水体中总有化学残留物，它可能带来副作用或新的污染；使用化学产品可掩盖臭味，却不能改变臭味的生成或阻止其散发。微生物除臭技术是利用自然分解和在分解过程中的积极生化作用，不会产生上述问题。微生物除臭剂与传统生物净化剂相比。微生物除臭技术可以祛除臭味，使液体状污物、有机物质迅速新陈代谢，减小固体物质体积，快速净化被污染物质。
微生物除臭剂虽然生物脱臭具有传统方法不可比拟的优越性和安全性，应用前景相当广阔，但是微生物除臭技术仍有许多亟需解决的问题：4.1 混菌除臭工艺有待优化根据不同类型的恶臭气体针对性使用相应的除臭微生物一般能够起到的除臭效果，然而无论是通过生物途径还是非生物途径产生的恶臭气体均多为多种恶臭物质的混合物，因此生物除臭装置或微生物除臭剂中的微生物群均由多种除臭微生物构成。微生物群构成虽基本能按照各类型菌株生理特性、新陈代谢特性进行组合，然而仍存在部分协同作用强，但因生理特性差异较大而难以协调生长，从而使得混菌体系不能实现除臭效果。优良除臭菌株的筛选与驯化以及不同类型除臭菌株协同效应、机制的研究将有利于该问题的解决。4.1 高浓度恶臭气体物质的对微生物的毒害问题高浓度条件下的恶臭气体或通过改变溶液中的pH，或直接对微生物产生毒害作用，从而降低微生物除臭剂的作用效果。如高浓度甲醛废水不适合用生物法处理。因此，对高浓度恶臭气体耐受性高的菌株筛选、能自动调节pH和温度等反应参数的除臭装置发明使用将是解决这一问题的关键。4.3 生物除臭反应器的优化现有生物除臭反应器，如生物滤床法、活性污泥法等虽在操作工艺、运营成本上占有优势，但存在占地面积大的缺点，反应器的小型化以及主装置和各辅助装置的一体化是解决这一问题的关键。同时，生物除臭反应器内应增加温度、pH、溶氧量、湿度、恶臭浓度等检测传感器，实现更高程度的专业化和自动化，在实现对恶臭气体更彻底的净化的同时，也起到解放人力，降低营运成本的作用。
